因为四级杆系统对于高频电压的需求，在射频质谱的核心供电系统中通常不使用磁芯，而使用空气芯变压器以便保证电路对于高频射频的响应。
早期的起震元器件采用电容-电感-三极管的自激振荡方式(美国乔治亚州的THS公司生产的质谱依然采用此系统)，随电子技术的发展，震荡源多采用电压控制振荡器(Voltaged Controlled Oscillator, VCO)或采用直接数字合成(Direct Digital Synthesis, DDS)方式。
直接测量
(DirectMeasurement)
射频质谱仪可作为直接测量仪器使用。
通过搭配不同的离子源，射频质谱仪则作为一般的分析化学工具使用。尤其在长期测量中，射频质谱仪产生的数据量要显着小于其他并行测量质谱（飞行时间质谱等）。
多级质谱
(TendemMassSpectrometry,MS-MS)
由于射频质谱仪的解析能力(ResolvingPower)偏低，因此在确定未知物质时的能力有所欠缺。通过多级质谱，离子在两组四级杆系统中间通过独立的腔体进行裂解操作。由此对
特定质量的离子所产生的碎片进行分析，可得到该离子的结构信息。
裂解方法有注入气体与离子发生碰撞的撞击裂解法(CollisionInducedDissociation,CID)，也有直接通过电子枪射出电子裂解的方法(ElectronDissociation)。
多级质谱在生物化学以及有机化学中起到了至关重要的作用。
色谱-质谱联用
(Chromatography-MassSpectrometry)
色谱质谱联用中最典型的应用为气相色谱质谱法(GasChromatography-MassSpectrometry,GC-MS)以及液相色谱质谱法(LiquidChromatography-MassSpectrometry)。
其优势在于通过色谱质谱的联用，解决了质谱中如果离子之间质量过于相似而无法分辨的情况。在色谱法中，滞留时间(RetensionTime)给出了混合物中不同种类物质的结构信息，预分离操作提高了质谱设备的可信度。此方法类似于离子迁移率质谱法(IonMobilitySpectrometry-MS,IMS-MS)。
应用此方法的难度在于如何耦合色谱设备与质谱设备。其中最常用的方法为电喷雾电离(ElectrosprayIonization,ESI)。
