自组织网络的动态特性使得许多传统的网络协议不再有效，其中就涉及对网络性能至关重要的传输层协议。目前，自组织网络的传输层协议基本上仍沿用传统有线网络的传输层协议，包括UDP和TOP。UDP是无连接协议，不能保证数据可靠按序到达目的节点，适合于能够容忍部分分组丢失并对时延有较高要求的业务。在自组织网络中常常使用基于UDP的CBR业务流来测试协议的时延、丢失率等性能。TOP面向连接、保证分组的可靠按需到达，具有流量控制和拥塞控制机制，实现复杂，开销较大。考虑到自组织网络要与Internet实现无缝连接和协议兼容性，并且当前Internet上的大量应用都采用rap协议，因此自组织网络的传输层协议也应基于TCP。
TCP通过增加拥塞窗口来不断地探测网络可用的带宽，拥塞控制算法依赖于分组的丢失和网络的拥塞程度，它一般使用隐含的反馈机制，如超时重传和连续重复的ACK来检测分组丢失，然后通过减少拥塞窗口来避免拥塞，并且在超时后指数退避。在自组织网络中，节点的移动、故障以及链路的失效都会引起网络拓扑的变化并可能导致重路由9此外，无线信道的传输错误率较高并且随时间动态变化。这些都会引起分组的突然丢失和额外的时延，而为传统固定网络设计的TOP是基于链路传输和链路准静态假设的，它无法区分网络拥塞、路由失效和链路故障造成的分组丢失，而将分组丢失都看成是网络拥塞的结果，从而启动拥塞控制过程，甚至进入慢启动阶段。我们不希望看到当路由失效时，重传的分组不仅不能达到目的节点，而且浪费了网络资源；当路由恢复时，由于慢启动机制，吞吐量仍会很低。即传统的TOP协议在自组织网络中常常会引起不必要的重传和吞吐量的下降，并且没有考虑节点移动和无线多跳路由对传输层协议造成的影响。为此，必须对其进行改进以适应自组织网络环境。
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