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生物芯片的制备主要依赖于微细加工、自动化及化学合成技术。根据不同的使用要求，可以采用微加工技术在芯片的基底材料上加工出各种微细结构，然后再施加必要的生物化学物质并进行表面处理。而更为简单的芯片制备如DNA芯片的制备，则是在基底上利用自动化或化学合成方法直接施加或合成必要的生物化学物质，对基底材料并不做任何微细加工。通常比较典型的DNA芯片制备方法有4种。第1种是Affymetrix公司开发的光引导原位合成法。该方法是微加工技术中光刻工艺与光化学合成法相结合的产物[17]。第2种方法是Incyte Pharmaceutical公司采用的化学喷射法。该方法是将合成好的寡核苷酸探针定点喷射到芯片上并加以固定化来制作DNA芯片。第3种方法是斯坦福大学研制的接触式点涂法，在DNA芯片制备中通过高速精密机械手的精确移动让移液头与玻璃芯片接触而将DNA探针涂敷在芯片上[18]。第4种方法是通过使用4支分别装有A，T，G，C核苷的压电喷头在芯片上并行合成出DNA探针[19]。不管何种方法，目的都是希望能快速、准确地将探针放置到芯片上的指定位置上。